Pasaron seis años para que Santa Fe volviera a salir campeón. En 1965, el club tuvo varios cambios institucionales que buscaban dejar atrás la sequía de títulos. A la dirección técnica del club llegó el Dr. Gabriel Ochoa, quien inició su plan de trabajo renovando el esquema de lo que venía siendo el Expreso Rojo los últimos años. Ochoa tuvo que empezar de ceros, pues del plantel profesional salieron más de 15 jugadores.
La inversión por parte de la directivas fue enorme y el único objetivo era salir campeón. A Santa Fe llegaron Delio ‘Maravilla’ Gamboa, Orlando Marín e Ignacio ‘Velitas’ Pérez. Gilberto Carrión y Arturo Rojas subieron de las Divisiones Menores, mientras que del exterior arribaron Osvaldo Ayala, Ary Goncálvez, Luis Carlos Franca, Efraín Padilla, Pedro ‘Pollo’ Díaz, Carlos Robelle, Rodrigo Miranda, Walter ‘Waltinho’ Moraes, Gelson Viera, Waldino ‘Russo’ Ferreyra, Ramón Rodríguez y Omar Dalombo.
Para este año, el torneo de Primera División del Fútbol Profesional Colombiano se continuaba celebrando anualmente pero había aumentado a 52 el número de fechas.
El Santa Fe de 1966 dio mucho de qué hablar a lo largo del torneo. El Rojo se había armado muy bien, siempre estuvo en la parte alta de la tabla de posiciones, pero para la percepción de hinchas, periodistas y público en general, no jugaba bonito.
La cuarta estrella fue de los campeonatos más difíciles de lograr para el equipo capitalino. Durante la recta final del torneo, Santa Fe sufrió una crisis que preocupó a todos y puso en duda su camino al título. Por esa época,la Selección Colombia se preparaba para su participación en la Copa América y de Santa Fe fueron convocados dos de sus figuras: Delio ‘Maravilla’ Gamboa y Alfonso Cañón, a lo que la opinión pública le adjudicó la mala racha.
La mala racha inició con los empates 1-1 ante Nacional en Medellín y 0-0 con Atlético Junior en Bogotá. Luego las derrotas 1-3 ante el Cali en el Campín y 2-1 ante el Tolima en Ibagué. Después volvió al empate ante Medellín 4 a 4, el cual fue muy valioso porque Medellín era el segundo en la tabla de posiciones y le pisaba los talones al Expreso. Otros dos empates cerraron la mala racha: ante el Pereira 2 a 2 y con el Cúcuta 2 a 2.
Finalmente Santa Fe resolvió el título con la victoria ante Millonarios 0-1 y Magdalena 2-1. La última fecha se confirmó el campeonato con el empate sin goles ante América en la ciudad de Cali.
Nómina campeona:
Osvaldo Ayala, Carlos Antonieta, Claudionor Cardozo, Ignacio ‘Velitas’ Pérez, Pablo Centurión, Carlos Rodríguez, Carlos Aponte, Luis Carlos Franca, Delio ‘Maravilla’ Gamboa, Omar Lorenzo Devani, Alfonso Cañón, Pedro ‘Pollo’ Díaz.
El saldo fue de 52 partidos jugados, 25 victorias, 16 empates y 11 derrotas para un total de 66 puntos, 3 de diferencia con el subcampeón, Medellín.
