A medida que se fueron viendo los resultados del esfuerzo, los directivos empezaron a realizar acciones importantes para el club, se adquirió la primera Sede Social y se integró a Santa Fe II, que fue inscrito en segunda división de la ADB donde comenzó la rivalidad con un equipo llamado Municipal (Que después cambiaría su nombre a Millonarios).
En 1945 llega a Santa Fe Carlos Frank, respaldado por el Presidente de la Institución y el respetado periodista Enrique Santos Castillo. Frank era un exportador de café con altas posibilidades financieras y literalmente sostuvo al equipo que no tenía grandes reservas económicas, porque si bien había sido fundado por personas de la nobleza bogotana, dichos fundadores eran apenas estudiantes que no contaban con grandes recursos. Frank murió en 1947, pero es recordado por la familia Santafereña como un gran hombre, que honró los colores de la institución con una desinteresada y pulcra tarea sin ningún ánimo de lucro.
Ya en 1948 había avanzado el fútbol en Colombia y Santa Fe programó un partido amistoso internacional contra un equipo peruano, pero antes de la realización del partido y con los visitantes en nuestra ciudad se produjo el Bogotazo del 9 de Abril, suceso crítico en la historia de la ciudad que afectó a miles de capitalinos y estuvo a punto de marcar la disolución de Independiente Santa Fe. El equipo peruano se hospedaba en el Hotel Regina que fue consumido por las llamas, afortunadamente no hubo desgracias personales, pero el club (Santa Fe) debió cubrir todos los gastos del equipo visitante tras la tragedia quedando sumido en una profunda crisis económica.
El 28 de Junio de 1948 se convocó a la reunión de integración de la Dimayor. La profesionalización del fútbol salvó a Independiente Santa Fe, era para ese entonces el equipo más querido y respetado de la capital, lo que representó que varios dirigentes con posibilidades económicas viendo las nuevas posibilidades y que ahora el equipo podría jugar en todo el país decidieran invertir en Santa Fe para el Primer Campeonato Profesional Colombiano. El 15 de de Agosto de 1948 inició el torneo donde los dos grandes favoritos eran Junior de Barranquilla y Millonarios, dos equipos con una gran inversión y poderes que se armaron para buscar el primer título profesional del país, en ningún pronóstico se incluía a Independiente Santa Fe siquiera como opcionado.
