Luego de coronarse campeón en la Liga Postobon 2012-1, Independiente Santa Fe tuvo el privilegio de disputar la Superliga de Campeones contra el ganador del segundo campeonato del año. En esta ocasión su clásico rival: Millonarios FC.
Para la copa que establecería el campeón de campeones de Colombia, se jugaron dos partidos: ida y vuelta. El equipo con más puntos en la tabla de reclasificación 2012 jugaba el partido de ida como visitante y el encuentro de vuelta en condición de local. A pesar de que ambos juegos se disputaron en el Estadio Nemesio Camacho ‘El Campín’, Santa Fe con 70 puntos obtuvo el privilegio de cerrar de local y recibir la anhelada copa ante su fiel hinchada.
La partido de ida se disputó el 24 de enero de 2013, donde Santa Fe dirigido por el profesor Wilson Gutiérrez formó con: Camilo Vargas, Juan Daniel Roa, Humberto Mendoza, Francisco Meza, Hugo Acosta, Omar Pérez, Yulián Anchico, Daniel Torres, Luis Carlos Arias, Cristian Martínez Borja y Wilder Medina. El resultado fue 1-2 a favor del Rojo con un doblete de Arias. El primer gol lo marcó al minuto 17, y el segundo al minuto 73.
El partido de vuelta fue a los tres días, el 27 de enero Santa Fe celebró de local una nueva victoria, esta vez por la mínima diferencia con gol del zaguero Carlos Valdés al minuto 45. La nómina inicialista fue: Camilo Vargas, Humberto Mendoza, Francisco Meza, Carlos Valdés, Omar Pérez, Yulián Anchico, Daniel Torres, Jhon Valencia, Luis Carlos Arias, Cristian Martínez Borja y Wilder Medina.
Independiente Santa Fe se coronó campeón de campeones con un marcador global de 3-1 sobre su eterno rival. Cabe recordar que esta fue la segunda edición del torneo y no entregó al ganador cupo a ningún torneo internacional.
