La Copa Colombia de 2009 es una de las consagraciones más importante de nuestra historia, también una de las más sufridas y fue en parte una de los primeros títulos que se dio para abrir una seguidilla de títulos que engalanaron en pocos años la historia de nuestro club.
Bajo la dirección técnica de Germán “Basílico” González y una competitiva plantilla que logró darle un feliz término a un proceso que ya llevaba varios años anhelando alzar otro trofeo, entre los nombres que se destacaban estaban: Agustín Julio, Luis Manuel Seijas, Yulian Anchico y Omar Pérez.
36 equipos participaron en la sexta edición de la Copa Colombia ubicados en seis grupos pertenecientes a cada región del país y cada uno con la misma cantidad de equipos, el grupo de Santa Fe tenía a Millonarios, Equidad, Academia, Centauros y Bogotá. Logramos el segundo puesto y así el paso a segunda fase en donde superamos a Cúcuta Deportivo, en los cuartos de final fue el Pasto nuestro rival, en el resultado global salimos derrotados 4-3, sin embargo, la organización de la competencia beneficiaba al mejor perdedor de esa serie con es paso a la semifinal, ese cupo nos fue otorgado y quedamos entre los cuatro mejores del campeonato. Allí vencimos a Nacional dejándonos nuevamente en la gran final, esta vez enfrentando nuevamente al Deportivo Pasto.
La definición se dio el 11 y 18 de noviembre de 2009, dos compromisos apasionantes que finalizaron en empate 3-3., para hacer más dramática la definición se dio la definición por penales. Quintero, Pérez, Seijas, González y Gómez marcaron a favor nuestro.
Por su parte la figura fue Agustín Julio, el arquero atajó cuatro de los ocho penales sentenciando la serie 5-4 a nuestro favor y entregando la segunda Copa Colombia en El Campín.
