Con el equipo inscrito como amateur a la Asociación Deportiva de Bogotá a principios de 1941, la formalización del club era evidentey como no podía ser diferente, el lugar indicado era el punto de encuentro de “Los Santafereños”, el Café del Rhin en el Pasaje Santa Fe, el nombre era un punto clave a definir, el conjunto deportivo no podía seguir siendo “Ex-alumnos del Gimnasio Moderno” ni alguno similar, era muy extenso y no representaba el nuevo sentido del grupo.
“Independiente” fue el primer componente, un nombre para la época ya establecido en Argentina para Independiente de Avellaneda y que en su connotación lograba mostrar el espíritu del equipo, un grupo dedicado a jugar al fútbol sin fines de lucro, netamente por convicción, la idea romántica del amor por el fútbol y sin la influencia de empresas o inversionistas, era un equipo en efecto Independiente. Sin embargo el nombre Independiente en solitario parecía simple, y fue así como apareció “Santa Fe” como el complemento perfecto, el Pasaje Santa Fe y el ya conocido calificativo de “Los Santafereños” determinaron que el equipo se llamaría: CLUB INDEPENDIENTE SANTA FE.
Así, la historia dice:
“En Bogotá, el 28 de Febrero de 1941, se reunieron los señores Escobar U. Guillermo, Gamboa A. Ernesto, Gutiérrez L. Tulio, Haim Roberto, Lleras Ll. Eduardo, Martín Alfonso, Martín Álvaro, Mendoza C. Eusebio, Mendoza C. Julián, Mora L. Hernán, Payán C. César, Reyes N. Luis Carlos, Robledo R. Luis, Rueda C. Gonzalo, Urdaneta H. Rafael y Valenzuela V. Pablo; y resolvieron crear un Club Deportivo de Foot-Ball Association que llevara por nombre “Club Independiente Santa Fe”. Dicho club tendrá un carácter meramente deportivo, sin perseguir lucro de ninguna especie. Su domicilio será en esta ciudad, y hasta la expedición de sus estatutos estará dirigido por la siguiente directiva: Presidente Gonzalo Rueda Caro, Vicepresidente Luis Robledo R., Secretario-Tesorero Ernesto Gamboa Álvarez, Capitan del equipo de Foot-Ball Luis Carlos Reyes Nieto.”
Posterior a su fundación, también en 1941 fue subcampeón de la Segunda Categoría de la Asociación Deportiva de Bogotá, pero tal y como lo dice su acta de fundación, el club no tenía intenciones de lucro o profesionalismo y por lo tanto la idea de subir al la Primera División no estaba en los planes, sin embargo para ese entonces Independiente Santa Fe era ya el equipo más popular y querido entre los jóvenes de Bogotá, era tan fuerte la admiración que se sentía por el cuadro bogotano que la prensa y el pueblo pedía a gritos el ingreso a la Primera División.
En Mayo de 1942 Santa Fe es invitado a Primera División de la Liga de Cundinamarca para enfrentar al poderoso equipo de la Universidad, partido en el que Independiente Santa Fe vistió por primera vez su camiseta roja con mangas blancas, ganó 7-3.
En los años siguientes el equipo comenzó a figurar a nivel interdepartamental y empezó a distinguirse por su lucha, esfuerzo permanente y la mística de sus jugadores. En Marzo de 1943 Santa Fe jugó ante Bucaramanga en El Campín, en un partido que terminó 3-3 y fue reseñado por el diario “El Siglo” así:
“A base de entusiasmo Santa Fe llevó el partido a un final que debe satisfacer a sus hombres profundamente, puesto que eran muchos los que no juzgaban a este equipo capaz de un desempeño tan lúcido frente a un cuadro de la categoría del de Santander. La ‘performance’ de los muchachos de Santa Fe ayer, es digna de encomio y somos los primeros en aplaudirla”
Independiente Santa Fe había emprendido su camino hacia el profesionalismo y desde sus inicios fue reconocido por su coraje y carácter, la garra Santafereña viene de la épocas más lejanas, una tradición arraigada a la camiseta albi-roja.